暴走モード等の搭載により、人気を博した『CR新世紀エヴァンゲリオン』『CR新世紀エヴァンゲリオン・セカンドインパクト』と続くシリーズ第3弾。サブタイトルの「奇跡の価値は」は原作第拾二話のサブタイトルに由来する。基本的な演出は前作・前々作を踏襲しているが、映像容量が増強され、前作以上にクオリティー面が強化されている。また、ストーリー系リーチは原作には無いオリジナルストーリーが新たに採用されている。また、本作のメインテーマが「シリーズ最終章」と宣伝されていたが、これは前々作の『CR新世紀エヴァンゲリオン』から今作までが一つの章であることが「使徒、再び」のプロモーションビデオ等で説明されている。なお、「シリーズ最終章」のキャッチフレーズはパチンコシリーズそのものが終わってしまうという誤解をしてしまうユーザーも少なくはない。
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